两种途径在商标注册申请审查方面并无差别。其主要区别是发生联系的方式不同、提交的书件和文件递交方式稍有差别。
在发生联系的方式方面，自行办理的，在办理过程中申请人与商标局直接发生联系；委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与商标局发生联系，而不直接与商标局发生联系。
在提交的书件方面，自行办理的，申请人应按规定提交相关书件；委托商标代理机构办理的，申请人还应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的授权委托书。
在文件递交方式方面，申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件递交到商标局商标注册大厅（也可到商标局驻中关村国家自主创新示范区办事处，商标局在京外设立的商标审查协作中心，或者商标局委托地方工商和市场监管部门设立的商标受理窗口），申请人也可以通过网上申请系统提交；代理机构可以将申请文件直接递交、邮寄递交或通过快递企业递交商标局，也可以通过网上申请系统提交。
在文件送达方式方面，申请人自行办理的，商标局的各种文件是送达当事人；委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构。